DeepTE是一款非常实用的转座子分类工具，一般在跑完EDTA重复序列注释后可以运行一下DeepTE对unknown的转座子进行进一步分类。然而，我在安装这个软件时遇到了报错的情况，主要错误是不存在某个模块，或模块的版本不兼容，下面来具体说一说情况和解决办法

软件官网：https://github.com/LiLabAtVT/DeepTE

git clone https://github.com/LiLabAtVT/DeepTE.git

conda  create  -n DeepTE

source  activate DeepTE

conda  install tensorflow-gpu=1 .14 .0 biopython keras=2 .2 .4 numpy=1 .16 .0 hmmer

source  deactivate

1.一开始运行不了，是python版本不对：我的python版本是3.9，而这个软件需要python3.6以上、3.8以下版本。

2.后来创建了py36环境，但默认使用的python依然是3.9版本，使用代码alias python='/home/robert/mambaforge-pypy3/envs/py36/bin/python'解决

3.但由于未知的原因，conda安装的模块报错。最后的解决思路：使用pip安装相关模块。

代码：

conda create -n py36 python=3.6conda activate py36

alias python='/home/robert/mambaforge-pypy3/envs/py36/bin/python'

pip install biopython==1.72

pip install tensorflow==1.14.0

pip install sklearn==0.24.2

pip install numpy = 1.16.0

pip install keras==2.2.4

source activate py36

DeepTE.py -h

补充一个运行时遇到的错误：AttributeError: 'str' object has no attribute 'decode'

pip install 'h5py